A szójában a gyomok elleni kémiai védekezés nem teljesen megoldott, elsősorban herbicidtoleráns napraforgó és a parlagfű ellen csak korlátozott hatással tudunk védekezni. A parlagfűvel erősen fertőzött területeken fontos a preemergens gyomirtás, mivel a gyomállomány így homogénebb lesz, a poszt kezelés pedig könnyebben időzíthető. Különleges kihívást jelent a herbicidtoleráns napraforgó-árvakelés jelenléte a táblán, melynek gyomirtási technológiája nem teljesen megoldott. Az esetlegesen sikertelen preemergens egyszikűirtás könnyen megoldható speciális egyszikűirtókkal.
Állománykezelés esetén 250-300 l/ha-os vízmennyiséggel, illetve a finom, apró cseppmérettel végezzük el a kezelést. Mivel a szója viaszrétege vékonyabb a borsóénál, ezért a posztemergens készítményeket kevésbé tolerálja. Eső után még fontosabb betartani, hogy 3-4 száraz nap elteltéig TILOS vegyszeresen gyomirtást végezni.
